实验室根据国家科技发展指导方针，围绕国家能源建设、水资源配置和学科发展前沿，坚持应用基础研究与重大工程应用研究相结合，通过建立“开放、流动、联合、竞争、共建、共享”的运行机制，促进和开拓新兴学科、交叉领域与国内外学术交流和合作研究，使实验室成为水力机械过渡过程应用基础研究和聚集、培养优秀人才开展学术交流的基地，直接为学科发展和理论创新服务。

实验室实行学术委员会指导下的实验室主任负责制，由实验室主任对实验室各方面工作实行统一管理。

实验室实行课题制管理和下聘一级的人事制度。拟按4个研究方向，设立4个研究室，并通过公开招聘，竞争上岗，由实验室主任聘用各研究室主任。

建立财务公开与定期检查制度，在规范人、财、物管理办法的基础上，要求提高运行管理的透明度；建立严格的规章制度，加强各类仪器设备管理和室内外环境管理。

实验室设立开放研究基金和开放课题，吸收国内外科研人员来实验室工作；设立主任基金，由实验室主任管理，主要用于支持具有创新思想的课题、新研究方向的启动和优秀年轻人才的培养。

加强与国际知名研究机构的合作与交流，定期邀请国内外知名专家学者来实验室短期工作和讲学，深入开展国际合作，积极争取国际合作项目。

加强知识产权保护及实验室信息化工作。