实验室实行事业管理，主要根据国家科技发展指导方针，围绕国家能源建设、水资源配置和学科发展前沿，坚持应用基础研究与重大工程应用研究相结合，通过建立一种“开放、流动、联合、竞争、共建、共享”的运行机制，促进和开拓新兴学科、交叉领域与国内外学术交流和合作研究，使实验室成为水力机械过渡过程应用基础研究和聚集、培养优秀人才开展学术交流的基地，直接为学科发展和理论创新服务。